Základem fungování limbického systému je jeho propojení s ostatními částmi CNS:

• s ostatní mozkovou kůrou, kterou reguluje a ovlivňuje
• s autonomním systémem, přes který působí na tělesné pochody

Toto propojení je realizováno především:

• přes Papezův okruh
• přes výstupní dráhy amygdaly

Papezův okruh

Papezův okruh propojuje hipokampální formaci s hypothalamem, thalamem a cingulární kůrou. Probíhá z hipokampu cestou fornixu do hypothalamu do jader corpora mamillaria. Část vláken odbočí ještě předtím do thalamu a do septa.

Z hypothalamu okruh stoupá do thalamu do jader nuclei anteriores. Z nich pokračuje do kůry, konkrétně do přední cingulární oblasti. Cestou cingula se nakonec vrací do hipokampu.

Výstupní dráhy amygdaly

Důležité je především propojení amygdaly a hypothalamu, neboť touto cestou jsou realizovány její vlivy na autonomní nervový systém. Z amygdaly do hypothalamu vedou celkem dvě dráhy:

• stria terminalis – vlákna která obtáčejí 3. komoru
• ventrální amygdalofugální dráha – vlákna která jdou přímo z pólu temporálního laloku

Z hypothalamu pak dráhy pokračují do mozkového kmene k retikulární formaci.