Mozkové komory jsou makroskopické dutiny uvnitř nervové tkáně vystlané ependymem (výstelkový typ gliových buňek) a vyplněné mozkomíšním mokem. Rozlišujeme postranní komory, 3. komoru a 4. komoru. Zejména v postranních komorách a ve 4. komoře se nachází plexus choroideus, cévní síť pokrytá ependymem, kde dochází k produkci mozkomíšního moku.

Postranní komory

Postranní komory se nachází v hloubce hemisfér. Mají složitý tvar – jejich frontální roh vybíhá do čelního laloku, jejich okcipitální roh zasahuje do týlního laloku a podkovovitě zahnutá temporální roh dosahuje až k pólu spánkového laloku. Obsahují rozsáhlý plexus choroideus.

Třetí komora

Třetí komora je uloženy mezi thalamy. Její dno tvoří hypothalamus, do nějž zasahuje několika výběžky. S postranními komory komunikuje párovým foramen interventriculare.

Čtvrtá komora

Mezi mozkovým kmenem a mozečkem leží čtvrtá mozková komora, která má při pohledu ze strany tvar stanu. Její základnu tvoří kmen, především pons, její střechu mozeček. Ve čtvrté komoře se také nachází výrazný plexus choroideus.

S třetí komorou je propojena cestou aquaductus mesencephali, kanálku v mesencephalu, kaudálním směrem na ní navazuje canalis centralis míchy.

Čtvrtá komora je také jedinou částí komorového systému, ze které se mozkomíšní mok může dostat ven do subarachnoideálního prostoru. K tomu slouží tři otvory, párová foramina Luschae a nepárový foramen Magendi.